The Report on Omega-3 FAs of the French Agency for Food Safety (in French,
sorry) says the final Omega-3 content much depends on a number of factors,
such as type of cooking, species of fish, time of the year when it was
fished, sea where it was fished, type and length of conservation, and so
on...
For instance, sardines fried in olive oil lose just 20% of their Omega-3s,
but cod loses 95%.

http://www.afssa.fr/ftp/afssa/basedoc/annexesomega3.pdf
Agence française de sécurité sanitaire des aliments.
Rapport sur les acides gras de la famille oméga 3 et système
cardiovasculaire : intérêt nutritionnel et allégations

Annexes
(page 17)

[...] variabilité de la composition des poissons

Les données relatives à la variabilité de la teneur de la chair de poisson
en acides gras oméga 3 sont relativement confuses. Globalement, il existe
différents facteurs de variation indépendants de l'espèce et de la
variabilité individuelle. Il s'agit de la période de l'année au cours de
laquelle le poisson est pêché, du lieu de pêche ou du mode d'élevage, du
mode de préparation initiale, de la durée de conservation et de la nature
du conservateur ou encore de la durée et de l'intensité de la congélation.
Les écarts sont extrêmes selon les cas de figure. On observe un
enrichissement en acide alphalinolénique lorsque l'huile employée pour des
conserves de thon est du soja avec une diminution de 50 % des teneurs en
EPA et DHA (Garcia-Arias et al, 1994). Les teneurs en EPA sont abaissées
de 30 % lors de la conservation des sardines et de thons à l'huile d'olive
(Ruiz-Roso et al, 1998 ; Medina et al, 2000). La fumaison réduit la teneur
des filets de maquereau en acides gras oméga 3 de 30 % alors que cette
teneur est conservée dans les mêmes filets marinés (Voldrich et al, 1991).
En revanche, la surgélation des raies n'induit pas de perte en acides gras
oméga 3 (Fernandez-Reiriz et al, 1995). Il en est de même des poissons
d'élevage qui, selon leur conditionnement, conservent voire accroissent
leur teneur en acides gras oméga 3 (Rueda et al, 2001). En revanche, la
friture à l'huile d'olive de la sardine induit une perte modérée d'acides
gras oméga 3 (- 20 %) et celle du merlu permet d'éliminer 95 % des acides
gras oméga 3 (Varela et al, 1990).