LOCUS       NC_001802               9181 bp ss-RNA     linear   VRL 17-APR-2004
DEFINITION  Human immunodeficiency virus 1, complete genome.
ACCESSION   NC_001802
VERSION     NC_001802.1  GI:9629357
KEYWORDS    .
SOURCE      Human immunodeficiency virus 1 (HIV-1)
 ORGANISM  Human immunodeficiency virus 1
           Viruses; Retroid viruses; Retroviridae; Lentivirus; Primate
           lentivirus group.
REFERENCE   1  (bases 1 to 9181)
 AUTHORS   Martoglio,B., Graf,R. and Dobberstein,B.
 TITLE     Signal peptide fragments of preprolactin and HIV-1 p-gp160 interact
           with calmodulin
 JOURNAL   EMBO J. 16 (22), 6636-6645 (1997)
 MEDLINE   98031891
  PUBMED   9362478
REFERENCE   2  (bases 1 to 9181)
 AUTHORS   Petropoulos,C.J.
 TITLE     Appendix 2: Retroviral taxonomy, protein structure, sequences, and
           genetic maps
 JOURNAL   (in) Coffin,J.M. (Ed.);
           RETROVIRUSES: 757;
           Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York,
           NY, USA (1997)
REFERENCE   3  (bases 1 to 9181)
 AUTHORS   Chappey,C.
 TITLE     Direct Submission
 JOURNAL   Submitted (15-MAR-1999) NIH, NLM, Rockville Pike, Bethesda, MD
           20894, USA
 REMARK    Sequence update by submitter
REFERENCE   4  (bases 1 to 9181)
 AUTHORS   Chappey,C.
 TITLE     Direct Submission
 JOURNAL   Submitted (12-NOV-1997) NIH, NLM, Rockville Pike, Bethesda, MD
           20894, USA
COMMENT     REVIEWED REFSEQ: This record has been curated by NCBI staff. The
           reference sequence was derived from AF033819.
           The annotation of this sequence was corrected and updated with the
           kind help of Dr. Colombe Chappey (ViroLogic Inc., South San
           Francisco, CA USA) and Roger Ptak (Southern Research Institute,
           Frederick, MD USA).
FEATURES             Location/Qualifiers
    source          1..9181
                    /organism="Human immunodeficiency virus 1"
                    /mol_type="genomic RNA"
                    /db_xref="taxon:11676"
                    /note="strain for reference annotation"
    misc_feature    1..96
                    /note="repeat; positions of RNA transcription
                    initialization and polyadenylation; Region: R"
    polyA_signal    73..78
                    /note="both 5' and 3' poly A signals are transcribed into
                    RNA, but the 5' one is suppressed"
    5'UTR           97..181
    primer_bind     182..199
    gene            336..4642
                    /gene="gag-pol"
                    /locus_tag="HIV1gp1"
                    /db_xref="GeneID:155348"
                    /db_xref="LocusID:155348"
    CDS             join(336..1637,1637..4642)
                    /gene="gag-pol"
                    /locus_tag="HIV1gp1"
                    /note="fusion protein consisting of the viral structural
                    proteins and enzymes; cleaved by the viral protease into
                    individual mature proteins; The processing products of the
                    Gag and Gag-Pol polyproteins were annotated with the help
                    of Pettit et al., 2003 and references therein; Pr160;
                    ribosomal slippage at slippery sequence tttttta
                    (1631..1637)"
                    /codon_start=1
                    /product="Gag-Pol"
                    /protein_id="NP_057849.4"
                    /db_xref="GI:28872819"
                    /db_xref="GeneID:155348"
                    /db_xref="LocusID:155348"
                    /translation="MGARASVLSGGELDRWEKIRLRPGGKKKYKLKHIVWASRELERF
                    AVNPGLLETSEGCRQILGQLQPSLQTGSEELRSLYNTVATLYCVHQRIEIKDTKEALD
                    KIEEEQNKSKKKAQQAAADTGHSNQVSQNYPIVQNIQGQMVHQAISPRTLNAWVKVVE
                    EKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRVHPV
                    HAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRM
                    YSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTIL
                    KALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNSATIMMQRGNFRNQRKIVKC
                    FNCGKEGHTARNCRAPRKKGCWKCGKEGHQMKDCTERQANFLREDLAFLQGKAREFSS
                    EQTRANSPTRRELQVWGRDNNSPSEAGADRQGTVSFNFPQVTLWQRPLVTIKIGGQLK
                    EALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVG
                    PTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEI
                    CTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIP
                    HPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGW
                    KGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLR
                    WGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQ
                    IYPGIKVRQLCKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIA
                    EIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGK
                    TPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVD
                    GAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQY
                    ALGIIQAQPDQSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKV
                    LFLDGIDKAQDEHEKYHSNWRAMASDFNLPPVVAKEIVASCDKCQLKGEAMHGQVDCS
                    PGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHT
                    DNGSNFTGATVRAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLK
                    TAVQMAVFIHNFKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQTKELQKQITKIQNFRVYYRDSR
                    NPLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDED"
    mat_peptide     join(1632..1637,1637..1798)
                    /gene="gag-pol"
                    /product="Gag-Pol Transframe peptide"
                    /note="the Glu-Asp-Leu tripeptide (positions 4-6) is a
                    specific inhibitor of the HIV-1 protease. Involved in
                    regulation of the protease-mediated polyprotein
                    processing; p6*; alternative p6 protein"
                    /protein_id="NP_787043.1"
                    /db_xref="GI:28872821"
    mat_peptide     1655..4639
                    /gene="gag-pol"
                    /locus_tag="HIV1gp1"
                    /product="Pol"
                    /note="unprocessed Pol polyprotein; includes part of the
                    transframe peptide, protease, reverse transcriptase and
                    integrase domains."
                    /protein_id="NP_789740.1"
                    /db_xref="GI:28872823"
    mat_peptide     1799..2095
                    /gene="gag-pol"
                    /locus_tag="HIV1gp1"
                    /product="protease"
                    /note="The proteinase domain of Gag-Pol (in the form of
                    homodimer) mediates all the cleavages in the polyprotein.
                    Cleaves itself from the polyprotein late in particle
                    assembly; aspartic peptidase"
                    /protein_id="NP_705926.1"
                    /db_xref="GI:25121906"
    mat_peptide     2096..3775
                    /gene="gag-pol"
                    /locus_tag="HIV1gp1"
                    /product="reverse transcriptase"
                    /note="transcribes single stranded viral RNA genome into
                    double stranded proviral DNA; HIV-1 reverse transcriptase
                    is composed of the p66 subunit (this protein) and the p51
                    subunit that lacks the RNAse H domain of the larger
                    subunit"
                    /protein_id="NP_705927.1"
                    /db_xref="GI:25121907"
    mat_peptide     2096..3415
                    /gene="gag-pol"
                    /locus_tag="HIV1gp1"
                    /product="reverse transcriptase p51 subunit"
                    /note="HIV-1 reverse transcriptase is composed of the p66
                    subunit and the p51 subunit (this protein) that lacks the
                    RNAse H domain of the larger subunit"
                    /protein_id="NP_789739.1"
                    /db_xref="GI:28872822"
    mat_peptide     3776..4639
                    /gene="gag-pol"
                    /locus_tag="HIV1gp1"
                    /product="integrase"
                    /note="mediates integration of the viral DNA into the
                    infected cell chromosome"
                    /protein_id="NP_705928.1"
                    /db_xref="GI:25121908"
    gene            336..1838
                    /gene="gag"
                    /locus_tag="HIV1gp2"
                    /db_xref="GeneID:155030"
                    /db_xref="LocusID:155030"
    CDS             336..1838
                    /gene="gag"
                    /locus_tag="HIV1gp2"
                    /note="Pr55; The processing products of the Gag and
                    Gag-Pol polyproteins were annotated with the help of
                    Pettit et al., 2003 and references therein"
                    /codon_start=1
                    /product="Gag"
                    /protein_id="NP_057850.1"
                    /db_xref="GI:9629360"
                    /db_xref="GeneID:155030"
                    /db_xref="LocusID:155030"
                    /translation="MGARASVLSGGELDRWEKIRLRPGGKKKYKLKHIVWASRELERF
                    AVNPGLLETSEGCRQILGQLQPSLQTGSEELRSLYNTVATLYCVHQRIEIKDTKEALD
                    KIEEEQNKSKKKAQQAAADTGHSNQVSQNYPIVQNIQGQMVHQAISPRTLNAWVKVVE
                    EKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRVHPV
                    HAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTNNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRM
                    YSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTIL
                    KALGPAATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNSATIMMQRGNFRNQRKIVKC
                    FNCGKEGHTARNCRAPRKKGCWKCGKEGHQMKDCTERQANFLGKIWPSYKGRPGNFLQ
                    SRPEPTAPPEESFRSGVETTTPPQKQEPIDKELYPLTSLRSLFGNDPSSQ"
    mat_peptide     336..731
                    /gene="gag"
                    /locus_tag="HIV1gp2"
                    /product="matrix"
                    /note="viral structural protein; forms the outer
                    structural shell of HIV-1 virions; involved in the nuclear
                    import of the HIV-1 preintegration complex; p17"
                    /protein_id="NP_579876.2"
                    /db_xref="GI:28876542"
    mat_peptide     732..1424
                    /gene="gag"
                    /locus_tag="HIV1gp2"
                    /product="capsid"
                    /note="viral structural protein; forms the core of HIV-1
                    virions; p24"
                    /protein_id="NP_579880.1"
                    /db_xref="GI:19172948"
    mat_peptide     1425..1466
                    /gene="gag"
                    /locus_tag="HIV1gp2"
                    /product="p2"
                    /note="Processing of Gag-Pol by the protease domain dimer
                    starts with cleavage between the p2 and nucleocapsid
                    proteins."
                    /protein_id="NP_579882.1"
                    /db_xref="GI:19172950"
    mat_peptide     1467..1631
                    /gene="gag"
                    /locus_tag="HIV1gp2"
                    /product="nucleocapsid"
                    /note="viral structural protein; coats the genomic RNA
                    inside the virion core; binds and delivers full-length
                    viral RNAs into assembling HIV-1 virions; p7"
                    /protein_id="NP_579881.1"
                    /db_xref="GI:19172949"
    mat_peptide     1632..1679
                    /gene="gag"
                    /locus_tag="HIV1gp2"
                    /product="p1"
                    /note="important for virus infectivity, protein
                    processing, and genomic RNA dimer stability"
                    /protein_id="NP_787042.1"
                    /db_xref="GI:28872820"
    mat_peptide     1680..1835
                    /gene="gag"
                    /locus_tag="HIV1gp2"
                    /product="p6"
                    /note="important for incorporation of Vpr into assembling
                    HIV-1 virions; helps mediate efficient virus particle
                    release from infected cells"
                    /protein_id="NP_579883.1"
                    /db_xref="GI:19172951"
    gene            4587..5165
                    /gene="vif"
                    /locus_tag="HIV1gp3"
                    /db_xref="GeneID:155459"
                    /db_xref="LocusID:155459"
    CDS             4587..5165
                    /gene="vif"
                    /locus_tag="HIV1gp3"
                    /note="p23; viral infectivity factor; viral accessory
                    protein important for virus replication in vivo"
                    /codon_start=1
                    /product="Vif"
                    /protein_id="NP_057851.1"
                    /db_xref="GI:9629361"
                    /db_xref="GeneID:155459"
                    /db_xref="LocusID:155459"
                    /translation="MENRWQVMIVWQVDRMRIRTWKSLVKHHMYVSGKARGWFYRHHY
                    ESPHPRISSEVHIPLGDARLVITTYWGLHTGERDWHLGQGVSIEWRKKRYSTQVDPEL
                    ADQLIHLYYFDCFSDSAIRKALLGHIVSPRCEYQAGHNKVGSLQYLALAALITPKKIK
                    PPLPSVTKLTEDRWNKPQKTKGHRGSHTMNGH"
    gene            5105..5396
                    /gene="vpr"
                    /locus_tag="HIV1gp4"
                    /db_xref="GeneID:155807"
                    /db_xref="LocusID:155807"
    CDS             join(5105..5319,5321..5396)
                    /gene="vpr"
                    /locus_tag="HIV1gp4"
                    /note="p15; viral protein R; viral accessory protein
                    important for virus replication in vivo; involved in the
                    nuclear import of the HIV-1 preintegration complex;
                    induces G2 cell cycle arrest; influences mutation rates
                    during viral DNA synthesis; An artificial frameshift
                    eliminating the orf-disrupting nucleotide at position 5320
                    is introduced to obtain the typical HIV-1 Vpr protein
                    sequence. For this particular HIV-1 strain, HXB2, only a
                    short (78 amino acid long) variant of the Vpr sequence can
                    be obtained by translation of nucleotides 5105 through
                    5341 without the frameshift"
                    /codon_start=1
                    /exception="artificial frameshift"
                    /product="Vpr"
                    /protein_id="NP_057852.2"
                    /db_xref="GI:28872817"
                    /db_xref="GeneID:155807"
                    /db_xref="LocusID:155807"
                    /translation="MEQAPEDQGPQREPHNEWTLELLEELKNEAVRHFPRIWLHGLGQ
                    HIYETYGDTWAGVEAIIRILQQLLFIHFRIGCRHSRIGVTRQRRARNGASRS"
    gene            5377..7970
                    /gene="tat"
                    /locus_tag="HIV1gp5"
                    /db_xref="GeneID:155871"
                    /db_xref="LocusID:155871"
    CDS             join(5377..5591,7925..7970)
                    /gene="tat"
                    /locus_tag="HIV1gp5"
                    /note="p14; transcriptional activator; viral regulatory
                    protein required for virus replication; transactivates the
                    viral LTR promoter through interactions with cellular
                    transcription factors; associated with pathogenic effects
                    of the virus; the length of Tat varies depending on virus
                    strain or clade"
                    /codon_start=1
                    /product="Tat"
                    /protein_id="NP_057853.1"
                    /db_xref="GI:9629358"
                    /db_xref="GeneID:155871"
                    /db_xref="LocusID:155871"
                    /translation="MEPVDPRLEPWKHPGSQPKTACTNCYCKKCCFHCQVCFITKALG
                    ISYGRKKRRQRRRAHQNSQTHQASLSKQPTSQPRGDPTGPKE"
    gene            5516..8199
                    /gene="rev"
                    /locus_tag="HIV1gp6"
                    /db_xref="GeneID:155908"
                    /db_xref="LocusID:155908"
    CDS             join(5516..5591,7925..8199)
                    /gene="rev"
                    /locus_tag="HIV1gp6"
                    /note="p19; regulator of expression of virion proteins;
                    prevents splicing of viral RNA; shuttles unspliced viral
                    RNA to the cytoplasm for expression of viral proteins and
                    incorporation of full length viral genomic RNA into
                    virions"
                    /codon_start=1
                    /product="Rev"
                    /protein_id="NP_057854.1"
                    /db_xref="GI:9629359"
                    /db_xref="GeneID:155908"
                    /db_xref="LocusID:155908"
                    /translation="MAGRSGDSDEELIRTVRLIKLLYQSNPPPNPEGTRQARRNRRRR
                    WRERQRQIHSISERILGTYLGRSAEPVPLQLPPLERLTLDCNEDCGTSGTQGVGSPQI
                    LVESPTVLESGTKE"
    gene            5608..5856
                    /gene="vpu"
                    /locus_tag="HIV1gp7"
                    /db_xref="GeneID:155945"
                    /db_xref="LocusID:155945"
    CDS             5608..5856
                    /gene="vpu"
                    /locus_tag="HIV1gp7"
                    /note="p16; viral protein U; viral accessory protein
                    important for virus replication in vivo; promotes
                    degradation of CD4 and down-regulates cell surface
                    expression of MHC class I proteins; helps mediate
                    efficient virus particle release from infected cells;
                    reported to induce apoptosis by suppressing the nuclear
                    factor kappaB-dependent expression of antiapoptotic
                    factors; may attenuate the level of Env precursor(gp160)
                    biosynthesis; Vpu and gp160 are translated from different
                    reading frames of the same bicistronic mRNA"
                    /codon_start=1
                    /product="Vpu"
                    /protein_id="NP_057855.1"
                    /db_xref="GI:9629366"
                    /db_xref="GeneID:155945"
                    /db_xref="LocusID:155945"
                    /translation="MQPIPIVAIVALVVAIIIAIVVWSIVIIEYRKILRQRKIDRLID
                    RLIERAEDSGNESEGEISALVEMGVEMGHHAPWDVDDL"
    gene            5771..8341
                    /gene="env"
                    /locus_tag="HIV1gp8"
                    /db_xref="GeneID:155971"
                    /db_xref="LocusID:155971"
    CDS             5771..8341
                    /gene="env"
                    /locus_tag="HIV1gp8"
                    /note="gp160; envelope glycoprotein; envelope polyprotein;
                    cleaved by cellular proteases into mature proteins gp120
                    and gp41"
                    /codon_start=1
                    /product="Envelope surface glycoprotein gp160, precursor"
                    /protein_id="NP_057856.1"
                    /db_xref="GI:9629363"
                    /db_xref="GeneID:155971"
                    /db_xref="LocusID:155971"
                    /translation="MRVKEKYQHLWRWGWRWGTMLLGMLMICSATEKLWVTVYYGVPV
                    WKEATTTLFCASDAKAYDTEVHNVWATHACVPTDPNPQEVVLVNVTENFNMWKNDMVE
                    QMHEDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVSLKCTDLKNDTNTNSSSGRMIMEKGEIKNCSFN
                    ISTSIRGKVQKEYAFFYKLDIIPIDNDTTSYKLTSCNTSVITQACPKVSFEPIPIHYC
                    APAGFAILKCNNKTFNGTGPCTNVSTVQCTHGIRPVVSTQLLLNGSLAEEEVVIRSVN
                    FTDNAKTIIVQLNTSVEINCTRPNNNTRKRIRIQRGPGRAFVTIGKIGNMRQAHCNIS
                    RAKWNNTLKQIASKLREQFGNNKTIIFKQSSGGDPEIVTHSFNCGGEFFYCNSTQLFN
                    STWFNSTWSTEGSNNTEGSDTITLPCRIKQIINMWQKVGKAMYAPPISGQIRCSSNIT
                    GLLLTRDGGNSNNESEIFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTKAKRRVVQR
                    EKRAVGIGALFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARQLLSGIVQQQNNLLRAIEAQQHLL
                    QLTVWGIKQLQARILAVERYLKDQQLLGIWGCSGKLICTTAVPWNASWSNKSLEQIWN
                    HTTWMEWDREINNYTSLIHSLIEESQNQQEKNEQELLELDKWASLWNWFNITNWLWYI
                    KLFIMIVGGLVGLRIVFAVLSIVNRVRQGYSPLSFQTHLPTPRGPDRPEGIEEEGGER
                    DRDRSIRLVNGSLALIWDDLRSLCLFSYHRLRDLLLIVTRIVELLGRRGWEALKYWWN
                    LLQYWSQELKNSAVSLLNATAIAVAEGTDRVIEVVQGACRAIRHIPRRIRQGLERILL
                    "
    sig_peptide     5771..5854
                    /gene="env"
                    /protein_id="NP_579893.2"
                    /db_xref="GI:28876543"
    mat_peptide     5855..7303
                    /gene="env"
                    /locus_tag="HIV1gp8"
                    /product="Envelope surface glycoprotein gp120"
                    /note="mediates binding of HIV-1 to CD4 and cellular
                    co-receptors; cooperates with gp41 to mediate fusion of
                    viral membrane with cellular membrane during virus entry
                    into cells; Envelope surface unit; SU"
                    /protein_id="NP_579894.2"
                    /db_xref="GI:28876544"
    mat_peptide     7304..8338
                    /gene="env"
                    /locus_tag="HIV1gp8"
                    /product="Envelope transmembrane glycoprotein gp41"
                    /note="cooperates with gp120 to mediate fusion of viral
                    membrane with cellular membrane during virus entry into
                    cells; Envelope transmembrane domain; TM"
                    /protein_id="NP_579895.1"
                    /db_xref="GI:19172954"
    gene            8343..8963
                    /gene="nef"
                    /locus_tag="HIV1gp9"
                    /db_xref="GeneID:156110"
                    /db_xref="LocusID:156110"
    CDS             8343..8963
                    /gene="nef"
                    /locus_tag="HIV1gp9"
                    /note="p27; negative factor; viral accessory protein;
                    important for virus replication in vivo; determinant of
                    HIV-1 pathogenesis; down-regulates cell surface CD4 and
                    MHC class I molecules; enhances virus infectivity through
                    interactions with multiple cellular signaling proteins;
                    This particular nucleotide sequence has a premature stop
                    codon in place of a well-conserved tryptophan codon at
                    position 8712-8714 that truncates the HIV1 Nef protein
                    sequence to a 123 amino acids-long N-terminal portion (not
                    shown)"
                    /codon_start=1
                    /transl_except=(pos:8712..8714,aa:Trp)
                    /product="Nef"
                    /protein_id="NP_057857.2"
                    /db_xref="GI:28872818"
                    /db_xref="GeneID:156110"
                    /db_xref="LocusID:156110"
                    /translation="MGGKWSKSSVIGWPTVRERMRRAEPAADRVGAASRDLEKHGAIT
                    SSNTAATNAACAWLEAQEEEEVGFPVTPQVPLRPMTYKAAVDLSHFLKEKGGLEGLIH
                    SQRRQDILDLWIYHTQGYFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGWCYKLVPVEPDKIEEANKGE
                    NTSLLHPVSLHGMDDPEREVLEWRFDSRLAFHHVARELHPEYFKNC"
    3'UTR           8631..9085
    misc_feature    9086..9181
                    /note="repeat; positions of RNA transcription
                    initialization and polyadenylation; Region: R"
    polyA_signal    9158..9163
                    /note="both 5' and 3' poly A signals are transcribed into
                    RNA, but the 5' one is suppressed"
ORIGIN